保良局甲子何玉清中學為學生提供一個寬廣及多元化的課程，裝備學生，讓他們茁壯成長，並有足夠的能力應付未來的世界。學校透過一系列有計劃、具挑戰性、多元的學習經歷，配合學校豐富的學生支援活動，開啓學生潛能，培養學生成為一個全面及正向的人。
中一至中三：學生修讀一個寬而廣、涵蓋八大學習領域的課程。學校有系統地將 STEAM 教育嵌入課程，並以跨學科形式推行，為每一位學生打好基礎。
中四至中六：學生修讀香港中學文憑(DSE)課程。學生需修讀四個核心科目(中國語文、英國語文、數學、公民與社會發展) 及從十二個選修科目及應用學習科目中選讀三科。